Tras esta decisión del equipo alemán, al mediodía se reunieron los representantes de todos los equipos con la organización del Tour en el Palacio de Congresos de Estrasburgo. Consumado el plante, se produjo después una tensa reunión de los ciclistas en un hotel de Móstoles sobre la actitud a mostrar ante la prensa.​ Entre el domingo 25 de junio y el lunes 26 de junio de 2006, el diario El País see the moon comprar online publicó un extenso reportaje sobre la investigación de la Guardia Civil. La exclusión del equipo del Tour y la Vuelta ocasionó que la Generalidad Valenciana decidiera retirar su patrocinio (bajo la marca Comunitat Valenciana).​ Como consecuencia de la retirada de su patrocinador principal, el equipo, continuador del histórico Kelme, desapareció al finalizar la temporada 2006.​

Caso Valverde

En todos los casos confirmados (siendo exonerado de su sanción Giampaolo Caruso por orden del TAS), los nombres de los ciclistas ya aparecían en el informe completo que la Guardia Civil envió al juez Serrano, salvo en el caso de Alejandro Valverde. La sección n.º 5 de la Audiencia Provincial de Madrid, atendiendo a los seis recursos presentados (UCI, AMA, AIGCP, RFEC, Fiscalía y Abogacía General del Estado),​​ ordenó mediante un auto al juez Serrano la reapertura del caso el 14 de febrero de 2008.​ El exciclista del Kelme (y excliente de Eufemiano Fuentes) Jesús Manzano recurrió el archivo del caso al considerar que se había cerrado sin concluir las pesquisas que el propio juez Serrano había decretado, tales como las comisiones rogatorias a otros países para interrogar a ciclistas.

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  • El mismo Fuentes declaraba en una entrevista a la Cadena Ser que le "ha sorprendido mucho que hayan salido unos nombres sí y otros no. También nombres que ni conozco como es el caso de Alberto Contador".​
  • A pesar de que todos ellos fueron identificados por la Guardia Civil como clientes de la red de dopaje de Fuentes (e incluso en algunos casos confirmados y sancionados por ello) durante ese Giro 2006 en concreto, la organización del Giro de Italia no les descalificó ni retiró de sus clasificaciones, por lo que todos ellos mantienen oficialmente sus victorias, podios y maglia rosa en esa edición de la ronda italiana.
  • El Juzgado de Instrucción n.º 31 de Madrid (encargado de la Operación Puerto y cuyo juez titular es Antonio Serrano) certificó por escrito que no existía ninguna imputación contra varios ciclistas.​ Esto se debía a que la investigación del juez Serrano se centraba en un presunto delito contra la salud pública, no en la trama de dopaje, que no fue investigada por el juez al no ser el dopaje delito en España en ese momento,​ motivo por el cual los clientes ciclistas (no todos los identificados) que declararon ante el juez lo hicieron como testigos, no como imputados.​
  • Los ciclistas absueltos proclamaron entonces que en adelante podían competir con normalidad, puesto que no estaban imputados por ningún delito penal.

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De hecho, le gustaría vestir a mujeres tan arrolladoras como Daphne Selfe, la modelo más longeva del mundo, o Linda Rodin, una exitosa empresaria que a sus 70 años sigue siendo icono indiscutible de moda. Tras dicha sentencia se autorizó la entrega de muestras de las bolsas a las autoridades deportivas que así lo requiriesen.​ Curiosamente, sin que supuestamente nadie hubiese tenido acceso a las 211 bolsas conservadas, se anunció que pertenecían a 23 ciclistas y 12 atletas.​​ La Abogacía del Estado reclamaba que la inhabilitación a Eufemiano Fuentes se hiciera extensible al ejercicio de la medicina en general (no solo la deportiva), así como la entrega al CSD de las evidencias documentales y las bolsas de sangre intervenidas en el proceso para emprender en su caso las sanciones administrativas pertinentes; el CONI pedía además tener acceso a los ordenadores incautados.​​ El compromiso contra el dopaje de las autoridades españolas y su firmeza en la lucha antidopaje había sido cuestionada en foros internacionales en los años precedentes, siendo precisamente uno de los puntos criticados la gestión de la Operación Puerto (aún sin juicio, y con las repetidas negativas a ceder las pruebas a los organismos deportivos competentes).

Sin embargo, el hecho de que uno de esos ciclistas absueltos oficialmente y por escrito, Jan Ullrich,​ fuera posteriormente confirmado por la justicia alemana como cliente de la red de dopaje realizando un análisis de ADN,​ evidenció que el documento del juzgado solo certificaba que no estaban siendo procesados (al no ser el dopaje un delito penal en España), no que no fueran clientes de la red de dopaje o que las identificaciones realizadas por la Guardia Civil fueran incorrectas. Los investigadores apuntaron desde un primer momento que entre los clientes de la red de dopaje desarticulada había tenistas, afirmación corroborada por el propio Eufemiano Fuentes en sendas entrevistas a la Cadena SER y al diario Le Monde.​​ Ante los rumores de que Rafael Nadal (entonces número dos del mundo) fuese uno de esos clientes,​​ la ministra de Educación y Deportes española Mercedes Cabrera y el Secretario de Estado para el Deporte Jaime Lissavetzky anunciaron que no había ningún tenista (ni español ni extranjero) en el sumario.​ Desde un primer momento, los investigadores apuntaron a que entre los deportistas clientes de la red de dopaje de Eufemiano Fuentes no solo había ciclistas, sino que también habría futbolistas, atletas, tenistas y otros deportistas.

Los ciclistas absueltos proclamaron entonces que en adelante podían competir con normalidad, puesto que no estaban imputados por ningún delito penal. Durante la reunión también se decidió no sustituir con otros corredores a los ciclistas expulsados, hecho que provocaba la imposibilidad de participación del Astana-Würth, al no contar con el mínimo de corredores.​​ Como consecuencia de dichas revelaciones, el 26 de junio por la tarde el director del Tour de Francia comunicó por fax al equipo (así como a la UCI y la Asociación de Equipos) que no permitiría su participación en la prueba tras las informaciones publicadas para mantener el buen nombre de la Grande Boucle, amparándose en su derecho de no admitir a formaciones indeseables.​ El equipo recurrió esa decisión, y el 29 de junio el TAS autorizó al equipo a participar en el Tour, en contra de la tesis de la organización.​​ Como consecuencia de esta situación, el 13 de junio los organizadores del Tour de Francia 2006 decidieron retirar su invitación al equipo.​ El equipo (no ProTour, y por tanto con una participación no asegurada, pendiente de una invitación de los organizadores) había sido invitado por primera vez desde 2003, después de haber sido excluido en 2004 y 2005 por las denuncias de dopaje interno de Jesús Manzano en el diario As.​ Labarta fue apartado de la disciplina del equipo, aunque la implicación de la formación en la trama, según la Guardia Civil, no se limitaba a él, sino que incluía a Vicente Belda (director deportivo),​ Yolanda Fuentes (médico del equipo y hermana de Eufemiano)​ y gran parte de la plantilla del equipo,​ así como el antaño director de la escuadra Álvaro Pino.​ Se daba además la circunstancia de que el propio Eufemiano Fuentes había sido el jefe médico oficial del equipo durante varios años en el pasado.​ Se reveló asimismo que los médicos oficiales del equipo tendrían como función "apagar los fuegos" creados por Fuentes, es decir, evitar que las prácticas dopantes de sus corredores supusieran positivos en los controles antidopaje.​

Al carecer ambos de antecedentes penales, y siendo sus penas de menos de dos años, ninguno de los condenados tuvo que ingresar en la cárcel. El grupo de Novitzky recabó a cambio de sanciones atenuadas el testimonio de varios excompañeros de Armstrong, ya retirado y que se negó a colaborar al mantenerse en su postura de que no se había dopado, destapando así el dopaje sistemático practicado en la escuadra americana y su connivencia con las autoridades del deporte que debían velar por la lucha antidopaje. A ello se sumaba el hecho de que algunas de las prácticas dopantes (bien transfusiones sanguíneas o la administración de otras sustancias ilícitas) eran de meses e incluso años anteriores al momento de las detenciones y registros. Estaba previsto que durante el juicio oral fueran llamados a declarar 35 testigos (incluidos los 13 miembros de la Guardia Civil que intervinieron en la operación original) y 13 peritos.

Durante dichos registros los agentes incautaron varias cajas de documentos, un ordenador y extractos bancarios; en caso de demostrarse una violación de la Ley alemana de Farmacología, Choina podría ser condenado a tres años de prisión o al pago de una multa.​ El juez Jiménez señaló que no estaba obligado a investigarlo todo si consideraba que algunas pruebas solicitadas eran intrascendentes.​ Al no pedir el juez el informe de la AEM, dichos hallazgos no pudieron ser completamente demostrados, impidiendo así que estos hechos pudieran ser utilizados como argumentos que demostrarían la existencia de un delito contra la salud pública.​ Sin embargo, el juez se ha negado a facilitar la totalidad de las pruebas y muestras recabadas por la Guardia Civil a los organismos deportivos internacionales (UCI, AMA) competentes para imponer sanciones deportivas. Desde el primer momento en que se conoció el caso, la Guardia Civil subrayó que entre los implicados había deportistas de élite de numerosas disciplinas (fútbol, tenis, boxeo, ciclismo y atletismo), de quienes incluso tenían vídeos y grabaciones.​ En caso de utilizarse medicamentos, se utilizaba la albúmina (una proteína plasmática) para que no se diera positivo;​ en el caso de las transfusiones sanguíneas, se administraba plasma antes de los controles para ocultar la reposiciones de concentrados de hematíes.​ En el caso de los controles de orina, el deportista debía frotarse las manos con los polvos de la Madre Celestina antes de realizarse el control, ya que las proteasas que contenían dichos polvos hacían que las proteínas de la orina fueran diluidas, evitándose así dar positivo.​​